Размышляя об этом опыте, Юнг писал: «Очень многие вещи раньше не были мне понятны. В Его испытании человеческого мужества Бог отказывается придерживаться традиции, и, несмотря ни на что, он священен... Нужно быть целиком преданным Богу: никаких вопросов, лишь только выполнение Его воли... В противном случае все есть безрассудство и бессмысленность» 

«Никто не мог лишить меня уверенности, и мне доставляло радость делать то, что хотел Бог, а не то, что хотел я... Часто у меня возникало чувство, что во всех решающих вопросах я был не более значимым, чем другие люди, но был один с Богом» 

Сегодня нам трудно уяснить ужасающую власть видения Юнга. При традиционной набожности и недостатке психологических знаний в обществе в 1887 году такие мысли были не то что непроизносимыми — они были невероятными. Тем не менее, следуя за своим видением, Юнг вместо ожидаемой вины чувствовал странное облегчение и ощущение передышки. Он интерпретировал это как видение знака, данного Богом. На то была воля Бога, чтобы Юнг шел против традиций церкви. С того времени Юнг чувствовал, что совсем отмежевался от традиционной набожности своего отца и его родственников. Он видел, как большинство людей отсекают себя от непосредственного религиозного опыта, следуя предписаниям традиционной церкви вместо того, чтобы всерьез прикоснуться к духу Бога как к живой реальности.

Отчасти вследствие своих внутренних опытов Юнг чувствовал себя изолированным от остальных людей; иногда он ощущал почти нестерпимое одиночество. Школа надоела ему; тем не менее он страстно читал, испытывая «абсолютное желание... читать каждый кусочек печатного материала, попадавший мне в руки» 

«В конечном итоге, большинство наших трудностей происходит от потери контакта с нашими инстинктами, со старой незабытой мудростью, накопленной в нас» 

Юнг с детства осознавал, что в нем совмещаются две личности. Одной из них был сын приходского священника — хрупкий и неуверенный. Другой был мудрым стариком, «скептическим, недоверчивым, отдаленным от мира людей, но связанным с природой, землей, солнцем, луной, погодой, всеми живущими созданиями, и при всем при этом стремившимся к ночи, сновидениям и к какому бы то ни было „Богу", который работал прямо в нем». Сын приходского священника жил обыкновенной повседневной жизнью ребенка, растущего в определенное время в определенном месте. Мудрый старик жил во вневременном и внеграничном мире мудрости, смысла и исторического континуума. Взаимодействие этих двух личностей, говорил Юнг, происходит в каждом человеке, только большинство людей не знают о второй фигуре. Эта фигура имела основное значение в его жизни. Во многих отношениях теория личности Юнга, особенно его понятия индивидуации и самости, происходит от его рано появившегося знания об этой внутренней мудрости.

Когда пришло время поступать в университет, Юнг решил изучать медицину — компромисс между его интересами к науке и гуманитарным дисциплинам. Он увлекся психиатрией как изучением «болезней личности», хотя в те дни психиатрия была относительно неразвитой и непримечательной. Он представлял себе, что психиатрия, в частности, включает в себя и научные, и гуманистические перспективы. Юнг также развивал интерес к психическим феноменам и начал исследование сообщений, полученных от своего кузена, местного медиума. Это исследование стало основой его диссертации «О психологии и патологии так называемых оккультных явлений».

В 1900 году Юнга приняли в интернатуру Бюрцгольского медицинского госпиталя в Цюрихе — одного из наиболее прогрессивных психиатрических центров Европы. Цюрих стал его постоянным домом. Четыре года спустя Юнг возглавил экспериментальную лабораторию в психиатрической клинике и разработал словесный ассоциативный тест в целях психиатрической диагностики. В этом тесте испытуемого просили ответить на стандартный список стимульных слов; любое необычное промедление между стимулом и ответом берется в качестве индикатора эмоционального стресса и связывается со стимульным словом. Юнг также стал мастером интерпретации психологических смыслов, стоящих за различными ассоциациями, продуцируемыми испытуемыми. В 1905 году, в возрасте 30 лет, он начал читать лекции по психиатрии в Цюрихском университете и занял должность главного врача в психиатрической клинике. В это время Юнг уже открыл для себя произведения человека, который станет его учителем и наставником, — Зигмунда Фрейда. «Фрейд был первым, по-настоящему важным человеком, которого я встретил» 

Несмотря на сильный критицизм, направленный на Фрейда в научных и академических кругах, Юнг был убежден в ценности его работы. Он послал Фрейду копии своих статей и своей первой книги «The Psychology of Dementia Praecox» (1907). Фрейд ответил, пригласив его в Вену. В первую встречу эти двое проговорили практически без перерыва около 13 часов. После этого они еженедельно переписывались, и Фрейд считал Юнга своим научным преемником.

Несмотря на тесную дружбу, ученые имели фундаментальные разногласия. Юнг никогда не был способен принять настойчивого требования Фрейда, что случаи подавления всегда являются сексуальной травмой. Фрейд, со своей стороны, был обеспокоен интересом Юнга к мифологическим, спиритическим и оккультным феноменам. Между ними произошел философский и личный разрыв, когда Юнг опубликовал «Символы трансформации» (1912), где оспаривались некоторые из основных идей Фрейда. Например, Юнг считал либидо генерализованной психической энергией, тогда как Фрейд был тверд в убеждении, что либидо — энергия сексуальная.

В своем предисловии к книге Юнг писал: «То, что обрушилось на меня подобно обвалу, который невозможно остановить... Это было взрывом всех тех психических содержаний, которые не могли найти ни комнаты, ни жизненного пространства в давящей атмосфере фрейдовской психологии и ее ограниченного кругозора». Для Юнга было непросто потерять своего друга и наставника. «В течение двух месяцев я был неспособен прикоснуться к перу, так я был измучен этим конфликтом». Разрыв с Фрейдом был болезненным, травматичным для Юнга, но он решил преодолеть чувство вины.

«Сны выводят на свет материал, который не может быть порожден жизнью взрослого сновидца или его детским опытом. Мы склонны считать его частью архаического наследия, которое ребенок приносит с собой в мир прежде любого своего собственного опыта и прежде, чем на него повлияет опыт его предков. Мы находим дубликат этого филогенетического материала в самых ранних человеческих легендах и в ныне живущих обычаях».

Для Юнга разрыв с Фрейдом ускорил сильную конфронтацию с бессознательным. Чтобы вместить в себя эти яркие опыты и вырасти благодаря им, Юнг начал записывать их в свои личные дневники с целью самоанализа. Юнг постепенно развивал свои собственные теории бессознательных процессов и анализа сновидений. Он пришел к выводу, что методы, при помощи которых он анализирует символы сновидений пациентов, могут быть также приложимы к анализу и других форм символизма, то есть он подобрал ключ к интерпретации мифов, народных сказок, религиозных символов и искусства. Интерес к фундаментальным психологическим процессам привел Юнга к изучению старых западных традиций алхимии и гностицизма (эллинистическая религия и философская традиция) и к исследованию неевропейских культур. Он также серьезно изучал индийскую, китайскую и тибетскую мысль. Юнг совершил два путешествия в Африку, побывал в Индии, приезжал в Нью-Мехико, чтобы посетить индейцев пуэбло.

В 1949 году, в возрасте 69 лет, Юнг чуть не умер от нескольких сердечных приступов. В больнице у него был опыт яркого видения, в котором ему казалось, что он парит высоко в космосе, 1000 миль над землей, под ногами у него Цейлон, под головой Индия и слева — Аравийская пустыня. Затем Юнг вошел в черную каменную глыбу которая тоже парила в космосе. Направившись к входу, Юнг почувствовал что-то слева от себя. Все, что осталось от его земного существования, было его опытом, историей его жизни. Он видел свою жизнь как часть огромной исторической матрицы, в существовании которой он прежде не отдавал себе отчета. Прежде чем он смог войти в храм, Юнгу преградил путь доктор, который сказал ему, что он не имеет права покинуть землю сейчас. И тут видение прекратилось.

Несколькими неделями позже Юнг постепенно оправился от болезни, он был слаб и подавлен целыми днями, но каждую ночь около полуночи ощущал прилив бодрости с чувством восторга. Он ощущал себя парящим в блаженном мире. Его ночное видение длилось около часа, а затем он снова проваливался в сон.

По выздоровлении у Юнга начался очень продуктивный период, в течение которого он написал наиболее важные работы. Его видения дали ему мужество сформулировать некоторые из своих наиболее оригинальных идей. Эти опыты также сместили его личную точку зрения в сторону более глубокого принятия своего собственного предназначения.

«Я мог формулировать это как принятие вещей такими, какие они есть: безоговорочное «да» тому, что есть, без субъективного протеста — принятие условий существования, как я их вижу и понимаю, принятие моей собственной природы; как я счастлив, что живу.. Таким образом, мы выковываем эго и не прекращаем работу, когда происходят непостижимые вещи; эго, которое выдерживает правду и способно к воспроизведению мира и судьбы».

«За несколько дней до смерти Юнг видел сон. Он видел огромный круглый камень на возвышении, совершенно бесплодном, и на нем были выгравированы слова: «И это будет для тебя знаком Целостности и Единства». Затем он увидел множество сосудов... и четырехугольник деревьев, корни которых тянулись вокруг земли и огибали его, и среди корней блестели золотые нити».

Юнг умер 6 июня 1961 года в возрасте 86 лет. В течение всей его жизни, клинической практики, исследований работа Юнга оказывала неоспоримое влияние на психологию, антропологию, историю и религиозные труды.